九寨沟处于青藏高原东北边缘向四川盆地的过渡地带，地貌上属岷山山脉的深切割高山峡谷区，地势北低南高，海拔高度由1996m（九寨沟口）至4764m（沟尾尕尔纳峰），南北相对高差可达2768m。
九寨沟流域面积641.35平方公里,植被覆盖率为85.5%,森林覆盖率为63.5%.九寨沟下段分为树正沟和扎如沟,溯树正沟而上至诺日朗又分为日则和则查洼沟,平面呈"Y"字型展布,沟长约50公里.
九寨沟属长江水系嘉陵江上游区域,九寨沟由南向北汇入白河,白河与黑河在九寨沟县两河口汇合后始称白水江,白水江在甘肃文县境内汇入白龙江，白龙江在广元昭化镇注入嘉陵江。
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